Assim como diversos municípios do Estado, Capitão também vem sofrendo com a estiagem, que interfere diretamente na produção. Conforme o Secretário da Agricultura Valmir Morschcheiser, houve uma queda notável na produção, principalmente nas lavouras de milho, onde a chuva fez muita falta neste período, pois grande quantidade desta cultura encontrava-se no período de pendoamento e formação da espiga. Em Capitão, 95% dos agricultores plantaram e plantam o milho para produzir silagem, que sem milho nas espigas resulta numa qualidade muito baixa, além da falta de umidade na planta, que não permite a fermentação da silagem, resultando em queda da qualidade e da quantidade do leite produzido. 

Outro problema que atinge as propriedades rurais é a escassez de água, principalmente para os produtores de suínos e aves, que assistem diariamente suas fontes secarem e se veem obrigados a utilizar a água dos arroios, que também já apresentam níveis baixos. Conforme o Secretário, os pedidos de abertura de fontes aumentaram consideravelmente nos últimos dias, porém a Secretaria da Agricultura em parceria com a Emater está fazendo o acompanhamento destas propriedades, buscando orientar os produtores sobre a construção da fonte e principalmente como esta deve ser protegida, garantindo que o trabalho resulte em uma água de qualidade para abastecer as propriedades que necessitam. O Secretário se coloca à disposição da comunidade para auxiliar na busca de soluções para o problema da estiagem, oferecendo auxílio profissional por parte dos técnicos da Secretaria para que a falta de água não afete de forma tão drástica as propriedades rurais que são a base de arrecadação do município.